Program Pondok Pesantren Thoha
Pondok Pesantren Thoha memiliki program pendidikan dan pengajaran sebagai berikut:
A. TAHFIDZ MURNI
1. Tidak mendapat ijazah formal
2. Mendapatkan Ijazah tahfidz ketika khotam 30 juz dan setelah ujian hawalan
B. KMI MURNI
1. Mondok selama 7 (tujuh) tahun
2. Mendapat ijazah formal
3. Mendapatkan hafalan minimal 6 juz
C. KMI DAN TAHFIDZ
1. Mondok selama 7 (tujuh) tahun
2. Mendapat ijazah formal dan tahfidz
3.Mendapat ijazah formal setelah menyelesaikan 30 juz.